Berbagai hama dan predator bisa mengancam kelangsungan hidup koloni lebah kelulut. Hama dan predator bisa menyebabkan koloni musnah, atau setidaknya menurunkan produktivitasnya. Binatang pengganggu bagi kelulut antara lain:
- ketip (Coleoptera: Nitidulidae)
- lalat buah (Drosophila melanogaster)
- BSF (Black Soldier Flies)
- semut
- laba-laba
- cicak dan tokek
- kadal
- kodok
- seriti/walet
Untuk mengurangi resiko serangan hama parasit maupun predator, disarankan untuk:
-Tidak membuka sarang/kotak jika tidak perlu
-Melakukan pemantauan rutin
-Menjaga kebersihan lingkungan
-Segera mengisolasi koloni jika terserang parasit
-Rutin membersihkan sarang laba-laba
-Memberi antisemut: kapur/oli bekas
-Untuk serangan seriti bisa dicoba dengan memasang benda-benda berkilauan di sekitar peternakan, seperti bekas piringan-piringan Compact Disk (CD) yang digantungkan di sekitar lokasi ternak.
